1988 metų rugsėjo 1 –ąją  Alytaus 11-oji vidurinė mokykla atvėrė duris pirmiesiems savo 1-9 klasių mokiniams (jų buvo 1173). Čia pradėjo dirbti 49 mokytojai.  Pirmoji laida į gyvenimą išlydėta 1992 –aisiais. Tuomet mokyklą baigė 2 abiturientų klasės (35 mokiniai). 1994 metais mokykla pervadinta Alytaus Panemunės vidurine mokykla. Pagal Alytaus miesto savivaldybės mokyklų tinklo pertvarkos planą Alytaus  miesto savivaldybės tarybos 2011 m. gegužės 26 d. sprendimu Nr. T-155 ,,Dėl Alytaus Panemunės vidurinės mokyklos tipo pakeitimo ir jos nuostatų tvirtinimo” mokykla tapo pagrindine mokykla.  Alytaus miesto savivaldybės taryba 2018 m. balandžio 19 d. sprendimu Nr. T-96 pakeitė nuo 2018 m. rugsėjo 1 d. Alytaus Panemunės pagrindinės mokyklos tipą ir mokyklą pavadino Alytaus Panemunės progimnazija.

 Mokyklos direktorius nuo pirmųjų mokyklos gyvavimo dienų iki 2016 metų – Zenius Kunigonis. Nuo 2018 metų progimnazijos direktorė – Giedrė Romaškienė.

Nuo pirmųjų dienų svarbiausias mokyklos bendruomenės tikslas– šeimininkiškumo ugdymas. Teritorijos apželdinimo planą kūrė biologijos mokytoja Marijona Bižienė.

1992-1993 mokslo metais direktoriaus pavaduotoja ugdymui Stasė Nedzinskienė.  sukūrė mokyklos himną. Mokykloje veikiantis muziejus buvo atidarytas 1999 metais.

Mokykla turi savo leidinius. Pirmasis mokyklos laikraštis ,,5 dienos“ pasirodė 1992 metais, tebeleidžiamas ir dabar. Kitas leidinys ,,Mokyklos balsas“ – laikraštis, pirmąkart išspausdintas 2002 metų pabaigoje, ėjo iki 2017 metų. Nuo 2011 metų leidžiamas kalendorius. Mokyklos istorija aprašyta 3 knygose „Mes atėjom su Atgimimu“, „Pradėjus trečiąjį mokyklos dešimtmetį (projektai)“ ir „Panemunėje lyg paukštė“.

Mokinių saviraiškos poreikius tenkina nuo mokyklos įkūrimo sėkmingai organizuojamas neformalusis vaikų švietimas. Jaunučių chorą 1989-1990 m.m. subūrė mokytoja Gintauta Almonaitienė. Turiningą istoriją sukaupė jaunių choras ,,Aušra” (pirmoji vadovė Birutė Eišmontienė). Šis kolektyvas  savo veiklą pradėjo 1991-1992 m.m. Pirmasis koncertas įvyko 1992 m. kovo 11 d. Nuo 1995 metų choras koncertavo daugelyje Europos šalių. Tautinių šokių ansamblio „Uldukas“ gimimas sietinas su 1997 metais choreografijos mokytojai L. Adomaitienei kilusia idėja šokėjus, muzikantus ir dainininkus suburti į vieną kolektyvą – dainų ir šokių ansamblį. Progimnazijoje veikiantys kolektyvai garsina mokyklos vardą mieste, šalyje ir užsienyje.

Progimnazijoje puoselėjamos senos tradicijos ir kuriamos naujos. Kasmet organizuojamas festivalis „Panemunės gaida“, mokyklos vardą garsinančių mokinių ir mokytojų pagerbimo šventė „Tau dėkoju“, Vytauto Nedzinsko gamtamokslinių žinių olimpiada, Talentų šventė ir kt.

Mokyklos bendruomenės nariai, didžiuodamiesi savo mokykla, gali ištarti: ,,Čia mes stiebiamės į aukštį“.